CSS の display: sticky を使うことで、jQuery などの JavaScript を使わずにテーブルヘッダの固定が出来ます。若干、扱いが難しい面もありますが、不安定なプラグインの動作に悩まされることなく手軽に導入できます。

サンプル

HTML

<div class="scrollbox">
	<div class="innerbox">
		<table class="tablefix">
			<thead>
				<tr><th></th></tr>
			</thead>
			<tbody>
				<tr><td></td></tr>
			</tbody>
		</table>
	</div>
</div>

CSS

.scrollbox {
	position: relative;
	width: 100%;
	height: 30em;
	overflow: scroll;
	border: 1px solid gray;
}

.innerbox {
	padding: 1em;
	display: table-cell;
}

.tablefix {
	border-collapse: separate;
	border-spacing: 0px;
	border: 1px solid #dddddd;
}

.tablefix thead th {
	position: sticky;
	top: 0;
	white-space: nowrap;
	background-color: #e3e3e3;
}

.tablefix th,
.tablefix td {
	border: 1px solid #dddddd;
	padding: 0.5em;
}

解説

Firefox のバグに対応

テーブルを border-collapse: collapse; にして th に position: sticky; を設定すると、firefox 系で枠線（の右側と下側）が消えるバグが発生します。このためテーブルを border-collapse: separate; border-spacing: 0px; にしています。この場合、枠線の太さを 2px にする場合と 1px にする場合とで工夫が必要になります。

枠線の太さを 2px にする場合

table, th, td の３つに 1px の枠線を付けます（サンプルの方法）。

枠線の太さを 1px にする場合

table の右と下に 1px の枠線、th, td の左と上に 1px の枠線を付けます。

.tablefix {
	border-bottom: 1px solid #dddddd;
	border-right: 1px solid #dddddd;
}

.tablefix th,
.tablefix td {
	border-top: 1px solid #dddddd;
	border-left: 1px solid #dddddd;
}

innerbox について

scrollbox 内でスクロールさせたとき、padding（もくしはテーブルの margin）がうまく適用されない点について修正しています。これ（display: table-cell;）が無いと、右側へスクロールさせても余白がありません。また、Firefox と Chrome で下側へのスクロールで違いがあります。

なお、スクロールボックス内に入れない場合や、余白が必要ない場合は必要ありません。